Tanto al interior como al exterior de las entidades los organismos de control, realizan control de gestión, a excepción de la Contraloría General de la República, que realiza un control fiscal cuando en el desarrollo de las auditorías detectan un hallazgo con esta connotación.

También existe el control disciplinario que realiza la Secretaría General de la Entidad, cuando detecta situaciones o hallazgos que originen investigación de tipo disciplinario. En este punto, la Procuraduría por efectos del poder preferente, podrá también iniciar una investigación.